Turska je vojska vrlo brzo osvojila Kraljevstvo Bosnu na početku ljeta 1463. godine. Otada je središnji dio stare Banovine Bosne, zajedno s uporištem koje su Osmanlije već bile uspostavile u kraju oko Sarajeva, ostao pod stalnom osmanlijskom vlašću, iako su Osmanlije iste jeseni povukle odatle glavninu svojih oružanih snaga. Međutim, ono što je osmanlijska vojska bila osvojila u sjevernoj polovici Bosne ubrzo je opet preoteo ugarski kralj Matijaš Korvin. Janjičar srpskog porijekla, čija se autobiografija očuvala do današnjih dana, ostavljen je bio sa svega osam ljudi da brani tvrđavu Zvečaj nedaleko od Jajca. Čim se sultan povukao, ugarske su jedinice opsjele i Zvečaj i Jajce, pa su se posade naposljetku predale. Kralj Matijaš osnovao je novu “banovinu” Bosnu pod ugarskom vlašću na tim sjevernim teritorijima, a godine 1471. dodijelio je banu naslov “kralja Bosne”. Premda se to “kraljevstvo” ubrzo znatno smanjilo pod osmanlijskim naletima, dio koji je preostao odolijevao je još više od 80 godina. Međutim, u dvadesetim godinama 16. stoljeća grad Jajce bio je gotovo neprestano pod osmanlijskom opsadom, a hranu mu je dostavljao oružani konvoj iz ugarske Slavonije svega četiri puta na godinu.145 Osmanlije su napokon osvojili Jajce 1527, pošto su prethodne godine bili potukli ugarsku vojsku u sudbonosnoj bici na Mohačkom polju.
Sve manji dio Hercegovine također je odolijevao Osmanlijama i poslije 1463. godine. Herceg Stjepan Vukčić Kosaca uspio je iznova zadobiti svoj teritorij potkraj te godine, ali su Osmanlije veći dio ponovo zauzeli nakon dvije godine: herceg se morao skloniti u utvrđenu luku Novi (koja je poslije preimenovana u Herceg-Novi), gdje je i umro 1466. godine.146 Njegov drugi sin Vlatko, koji je naslijedio od njega titulu hercega, učinio je sve što je mogao da osigura ugarsku i mletačku pomoć ne bi li odbranio preostali teritorij. Ali na kraju se samo zapleo u daljnje sukobe s drugima, Dubrovčanima i lokalnim plemićima. U sedamdesetim godinama 15. stoljeća plaćao je danak Osmanlijama, a 1481. i 1482. godine osmanlijska je vojska zauzela i posljednje tvrđave na hercegovačkom tlu.147 Iz svih se ovih događaja vidi da Osmanlijsko carstvo bijaše strahovita i vrlo djelotvorna vojna mašinerija. Za vladavine Mehmeda II (1451-1481) uslijedio je izvanredan niz osvajanja i izazova susjednim silama: pošto je 1453. godine osvojio Carigrad, produžio je dalje i zauzeo sjevernu Srbiju, dijelove Anadolije, Vlaške, Bosne i Hercegovine, porazio mletačku vojsku u Grčkoj, upao u Moldaviju i Ugarsku, opsjedao otok Rodos i spremao se na veliku invaziju Italije kad je umro. Njegov nasljednik Bajezid II (1481-1512) više se posvetio sređivanju carstva, ali je svejedno ratovao s Moldavijom, Poljskom, Ugarskom i Mlecima. Sulejman Veličanstveni (1520-1566) ponovo je udario na sjeverozapad: u prvih 13 godina svoje vladavine sveo je veći dio Ugarske na status vazalnog teritorija i samo što nije osvojio Beč. Mirovni ugovor koji je 1533. godine sklopio s Austrijom označava početak dugog razdoblja gdjekad krvavog ali uglavnom statičnog sučeljavanja osmanlijskog i habsburškog carstva; do kraja tog stoljeća obje strane izgradile su jedna nasuprot drugoj pograničnu zonu koju je čuvala mreža utvrda i ratobornih seljaka kojima se samo donekle moglo vladati.148 Sporadični pljačkaški upadi postali su normalna stvar, ali vojna aktivnost na bosanskoj granici bivala je intenzivnija kad god bi sultan poveo rat širih razmjera protiv Habsburgovaca – kao što je, naprimjer, bilo za Sulejmanova posljednjeg pohoda na Ugarsku 1566. godine. Posljednji veliki osmanlijsko-habsburški rat, koji se vodio od 1593. do 1606. godine, zapravo su izazvali okršaji što su ih zapodjele lokalne snage na sjeverozapadnoj granici Bosne: Osmanlije su bili oteli od Habsburgovaca važnu tvrđavu Bihać 1592. godine, ali je sljedeće godine bosanski paša doživio neugodno iznenađenje dok je opsjedao neprijateljsko uporište Sisak – bio je teško poražen. U prvom velikom obračunu u sljedećem ratu Osmanlije su nanijele težak poraz habsburškoj vojsci u Mezokeresztesu 1596. godine. Nakon toga su uspjeli učvrstiti svoju vlast u većem dijelu Ugarske za idućih osamdesetak godina.
Osmanlijsko je carstvo, dok nije počelo zaostajati i propadati – što bijaše proces koji je počeo sredinom 16. stoljeća – bilo u svojoj biti vojna organizacija. Težilo je pljački i ubiranju danka, a upravni je sistem imao za cilj da mu osigurava dvije stvari: ljudstvo kojim će voditi ratove, i novac kojim će plaćati te ljude. Oružane snage dijelile su se na dvije osnovne kategorije. Postojala je regularna vojska koju je direktno plaćala osmanlijska država, a sastojala se od janjičara (regularnog pješaštva) i stalno plaćenog konjaništva poznatog pod nazivom “spahije Porte”. (“Porta” bijaše tradicionalno ime carske vlade u Istanbulu.) S druge strane, postojalo je i feudalno konjaništvo: vojnici na konjima koji su obavljali svoju vojnu obavezu zbog posjeda što su ih dobili od države. (Riječ “spahija” sama po sebi označava taj tip feudalnog zemljoposjednika.) Te dvije kategorije vojnika zajedno činile su goleme armije koje su vodile pojedine ratove od ranog proljeća do kasne jeseni. Činjenica da se vojska morala svaki put okupljati oko Istanbula i marširati do periferije carstva postavljala je određeno geografsko ograničenje (kao što su pokazali ratni pohodi Sulejmana Veličanstvenog na Ugarsku) za ekspanziju carstva. Ali bilo je i raznih pomoćnih snaga koje su igrale važniju ulogu u pograničnim oblastima kao što je Bosna, gdje je bila potrebna vojna aktivnost tokom cijele godine. To su bili takozvani azapi, neka vrsta gradske milicije koja je sačinjavala posade tvrđava i djelovala kao pogranično pješaštvo, i delije ili akindžije, neka vrsta neregularnog lakog konjaništva što je upadalo zbog pljačke na neprijateljski teritorij. Svi su ti vojnici bili muslimani: pripadnici pokorenih naroda uglavnom nisu smjeli nositi oružje. Međutim, za neke posebne namjene, posebno u pograničnim područjima u Bosni, koristile su se i lokalne kršćanske snage: kao čuvari cesta i prijevoja, dobavljači konja i nadasve kao neka vrsta opasnog teritorijalnog pljačkaškog pješaka poznatog pod nazivom vojnuk ili martoloz. O njima će biti više riječi u poglavlju o bosanskim Srbima.
Janjičarska vojska, zajedno sa sistemom plaćanja danka u dječacima (poznatom pod turskom riječju devoirme /devširma/“skupljanje”) kojim se ona popunjavala, bijaše najvažniji način na koji su se ljudi iz kršćanske Evrope regrutovali u mašineriju osmanlijske države. U 15. i 16. stoljeću, kad je sistem devširme bio u punom zamahu, skupljali su se u različitim ali čestim vremenskim razmacima po selima kršćanske Evrope dječaci i odvodili u Istanbul. Ondje su ih preobraćali na islam i vježbali za janjičarske odrede, ili za sultanovu vlastitu poslugu, ili za službenike u raznim državnim ministarstvima. (Sva su državna ministarstva bila u biti ogranci carske porodice.) Visoki dužnosnici u osmanlijskoj državnoj upravi imali su također velik broj takvih ljudi zaposlenih u svojim kućama: jedan od njih koji je umro u Istanbulu 1557. godine posjedovao je 156 robova, od kojih su pedeset dvoje bili Bosanci, a pretpostavlja se da su svi sakupljeni nekom vrstom privatne devširme, možda čak i na dobrovoljnoj bazi. Iako je otimanje djece bilo u biti bezdušan postupak, pružalo je očite prednosti ne samo dječacima (od kojih su mnogi poslije postajali velike paše i veziri) nego i njihovim porodicama s kojima su kasnije mogli obnoviti vezu. Dinastija Sokollu (Sokolovića) u Istanbulu, koja je dala niz velikih vezira, nije izgubila vezu sa svojom srpskom porodicom u Bosni i koristila se svojim uticajem da zaštiti interese Srpske pravoslavne crkve. U 16. i 17. stoljeću bilo je ukupno devet velikih vezira bosanskog porijekla, a već od 1488. godine Bosanci su vraćani u Bosnu da njome upravljaju.153 Premda su kršćanski roditelji kadikad podmićivali svoje muslimanske susjede da zamijene kršćanske dječake svojom još neobrezanom djecom, bilo je i suprotnih slučajeva, da su roditelji obiju vjera podmićivali službenike da im uzmu rođenu djecu. Dakako da su prednosti tog sistema bile jasne bosanskim muslimanima, koji su 1515. godine sklopili poseban sporazum da se po 1.000 njihove djece šalje godišnje u učilišta carske palače.
Sistem redovite devširme ukinut je negdje u prvoj polovici 17. stoljeća. U šezdesetim godinama toga stoljeća, kad je engleski diplomat Paul Rycaut pisao svoje klasično djelo o Osmanlijskom carstvu, devširma je već bila “potpuno pala u zaborav”. Ali uticaj je te institucije bio golem. Najmanje 200 000 djece s Balkana bilo je prošlo kroz taj sistem u ona dva stoljeća koliko je postojao. Budući da su velika većina te djece bili Slaveni, srpsko- hrvatski jezik (sa svojim susjedom, bugarskim, s kojim se uzajamno prilično dobro razumiju) usađen je bio u samo srce osmanlijske države. Jedan zapadni komentator zabilježio je 1595. godine da je “slavenski jezik” bio treći po zastupljenosti u carstvu (iza turskog i arapskog), zato što je bio jezik janjičara. A jedan je drugi posmatrač 1660. godine zapazio da se “turski jezik gotovo i ne čuje na sultanovu dvoru” zato što su “sav dvor i većina velikaša” – “otpadnici” iz zemalja u kojima se govore slavenski jezici. Taj je sistem imao još jednu važnu društvenu i političku posljedicu: stvorio je klasu moćnih državnih dužnosnika i njihovih potomaka koji su dolazili u sukob s feudalnovojnim spahijama i malo-pomalo prisvojili njihovu zemlju ubrzavajući proces udaljavanja od feudalnog davanja zemlje u zakup u smjeru privatnih posjeda i otkupa od države prava na ubiranje poreza. Stoga je Stanford Shaw napisao: “U biti je to bio trijumf balkanskog elementa u osmanlijskoj vladajućoj klasi zahvaljujući sistemu devširme, što je dovelo do sloma finansijskog i administrativnog aparata Osmanlija i izazvao kasniju propast sveukupnog carstva.”
Bosni je od samog početka bio nametnut osmanlijski feudalni poredak. Postojale su dvije osnovne vrste posjeda koji je spahija mogao dobiti od države: veća vrsta zvala se zijamet, a manja timar, koji je bio u posjedu timariota. (Treća i najveća vrsta poznata pod nazivom has dodjeljivala se samo najvažnijim pokrajinskim namjesnicima i članovima sultanove porodice.) Taj sistem, općenito poznat pod nazivom timarski sistem, bijaše strogo vojno-feudalan: zakup je ovisio o vojnoj službi, zemlja je ostajala u vlasništvu sultanovu, a timariotovi nasljednici nisu po zakonu mogli naslijediti timar (iako su ga u praksi obično nasljeđivali). Zakupnici tih posjeda morali su se odazivati s oružjem i konjima svakom pozivu na vojnu dužnost; isto su tako morali dovoditi i uzdržavati i druge vojnike u upravnom razmjeru sa svojim prihodima. Okupljali su se za rat prema vojnom okrugu u kojem su prebivali (sandžaku, što na turskome doslovce znači “zastava”), a zapovjednik im je bio sandžak-beg, što je bio najniži vojni čin koji je imao pravo na titulu paše.
Budući da su timarioti često bili po šest do devet mjeseci godišnje na vojnoj dužnosti, njihov zakup nije morao previše opterećivati seljake (kršćane ili muslimane) koji su im obrađivali zemlju. Seljaci su plaćali desetinu u naturi, što je moglo iznositi između jedne desetine i četvrtine njihove ljetine, i još nekoliko manjih dadžbina; isto su tako bili dužni obavljati još neke poslove za timariota, iako to nisu bili tako teški poslovi kakve su obavljali kmetovi u većini drugih evropskih feudalnih zemalja. Osim toga, plaćali su godišnju zemljarinu (harač, koji se poslije stopio s glavarinom zvanom džizja) sultanu. Njihov se osnovni pravni položaj sastojao u položaju zakupca koji nema pravo na samu zemlju nego samo na njeno korištenje (to su pravo njihova djeca mogla naslijediti). Oni su to pravo mogli i prodati i teoretski su se mogli i preseliti, iako su timarioti, naravno, nastojali da ih u tome spriječe. Općenito, timariot nije u pravnom smislu mogao ništa više zahtijevati od svojih seljaka nego da mu plaćaju desetinu i ostale dažbine, i da ga slušaju kad god nastupa kao državni dužnosnik: nije imao one pravosudne ovlasti kakve su imala vlastela u zapadnoj Evropi.
Dakako da će se ti uvjeti poslije promijeniti, u onoj mjeri u kojoj feudalni poredak bude propadao. Ali u početku je seljak na timarskom posjedu zasigurno bolje živio nego što je živio u feudalnoj Bosni prije dolaska Osmanlija – pogotovo uoči same osmanlijske najezde, kad je stanovništvo podnosilo dodatni finansijski teret i zbog odbrane Bosne od Osmanlija i zbog plaćanja danka Osmanlijama da ih ostave na miru. U jednom od svojih posljednjih apela prije predaje, kralj Stjepan Tomašević napisao je: “Turci… pokazuju dobronamjernost spram seljaka. Obećavaju im da će svi oni koji prijeđu na njihovu stranu biti slobodni i milostivo ih dočekuju… Ovakvim će podvalama lako navesti ljude da me napuste.” Te “podvale” nisu u svemu bile puke opsjene. A oni seljaci koji bi se preobratili na islam mogli su steći povoljnije uvjete zakupa zemlje – da budu punopravni vlasnici malog posjeda ili čiftluka, obično od pet do deset hektara zemlje.
Naravno da je u osmanlijskoj državi bilo korisno biti musliman. Ipak bismo pogrešno shvatili Osmanlijsko carstvo kad bismo pretpostavili – kao što se još pretpostavlja u mnogim standardnim djelima – da je to carstvo bilo strogo ustrojeno na vjerskim osnovama, da je bilo apsolutno podijeljeno s jedne strane na vladajuću klasu muslimana a s druge strane na podaničku klasu nevjernika, koji su bili razvrstani prema miletu (vjeri) kojem su pripadali. Carstvo je tek u potonjim godinama postalo takvo, a u prvom razdoblju osmanlijske vladavine na Balkanu podjela nije bila toliko kruta. Glavna razlika nije bila između muslimana i nevjernika, nego između Osmanlija (što će reći sveukupne vojno-upravne klase u koju su ljudi mogli ući ako su prihvatili osmanlijske nazore i osmanlijska pravila ponašanja) i raje. Arapska riječ iz Kurana “raja” (“jato” ili “stado”) bila je opća riječ za sav podanički narod: i muslimani su mogli biti raja, pogotovo ako su, kao Arapi, pokazivali karakteristike neosmanlijske kulture. Osnovni osmanlijski pravni sistem nije ovisio o islamskom svetom zakonu nego je proisticao iz volje sultanove, pa je često potvrđivao svojim autoritetom lokalne zakone i povlastice i samo se pretpostavljalo da nije u sukobu sa svetim zakonom ili šerijatom. Tek se postupno, u 16. i 17. stoljeću, islam bolje stopio s načelima osmanlijstva. Kad su Osmanlije osvojile Bosnu, pa i u sljedećih nekoliko naraštaja, i kršćanin je mogao postati spahija i dobiti od države timar, a da se nije morao odreći svoje kršćanske vjere: jedino što se od njega zahtijevalo bijaše osvjedočena privrženost osmanlijskoj državi i prihvatanje njenih zakona i običaja.
Iako su Bosnom vladali muslimani, teško da bi se ona mogla nazvati islamskom državom. Nije bila državna politika preobraćati ljude na islam ili ih siliti da se ponašaju kao muslimani; državna je politika jedino bila da drži zemlju pod vlašću i da izvlači iz nje novac, ljudstvo i feudalne prihode kako bi mogla zadovoljiti potrebe i u ostalim dijelovima carstva. To znači da je osmanlijska vladavina u tom razdoblju mogla biti sasvim podnošljiva, jer je bilo područja života za koje jednostavno nije marila. Kršćanska i jevrejska vjera smjele su i dalje djelovati, iako uz razna ograničenja, smjele su i dalje provoditi svoje vjerske zakone među vjernicima, na svojim sudovima – barem u građanskim sporovima. Ali istodobno je ta ograničenost interesa osmanlijske vlasti za teritorije kojima je vladala očito vodila u korupciju i ugnjetavanje. Dokle god je pokrajinski namjesnik osiguravao ljudstvo i prihode državi i držao povjereni teritorij čvrsto pod svojom vlašću, niko iz carske uprave nije pobliže provjeravao kako se on ondje ponaša. Okrutni ili korumpirani paša uživao je veliku slobodu u svom djelovanju; namjesnici su mogli biti opozvani zbog nesposobnosti ili neposluha, ali nikad zbog same korupcije. A činjenica da su pokrajinski namjesnici i vojni zapovjednici često premještani iz mjesta u mjesto, i da su obično provodili svega po dvije-tri godine na čelu neke pokrajine, bijaše takoreći poziv da za što kraće vrijeme izvuku što više bogatstva iz povjerenih im teritorija. Bilo je nekoliko vrsta građanskog zakona u Osmanlijskom carstvu, a postojao je i sveti zakon islama, koji je bivao sve važniji, ali bi teško bilo kategorički tvrditi da je Osmanlijsko carstvo bilo pravna država.
O osmanlijskom je zakonu na lokalnom nivou brinuo kadija ili sudac. On je bio najvažniji lokalni administrator, a područje za koje je odgovarao zvalo se kaza ili kadiluk.164 Određeni broj kadiluka tvorio je sandžak, vojno-upravni okrug. Svaki je sandžak bio velika i važna teritorijalna jedinica, ali je on opet bio dio ejaleta ili pokrajine, najveće sastavne jedinice Carstva. Prvi sandžak koji su Osmanlije osnovali nakon osvajanja Bosne bijaše sama Bosna, s upravnim sjedištem najprije u Sarajevu (do 1553. godine), onda u Banjoj Luci (do 1639), pa opet u Sarajevu (do devedesetih godina 17. stoljeća), pa onda u Travniku. Sandžak Zvornik, na sjeveroistoku, osnovan je nešto kasnije, a sandžak Hercegovina 1470. godine. U 16. stoljeću osnovano je još pet sandžaka u obližnjim zemljama, djelomice od teritorija osvojenog u Hrvatskoj i Slavoniji. Do 1580. godine svi su ti sandžaci pripadali ejaletu Rumeliji, pokrajini koja je obuhvatala veći dio Balkana.165 Ali te je godine donesena odluka da se od njih napravi novi ejalet: Bosna. To znači da je tim područjem vladao paša najvišeg ranga, beglerbeg: gospodar nad gospodarom. Tako je nastala bosanska cjelina koja je obuhvatala svu današnju Bosnu i Hercegovinu i neke susjedne dijelove Slavonije, Hrvatske, Dalmacije i Srbije. Dok je, naprimjer, stara Kraljevina Srbija ostala podijeljena na više manjih jedinica, od kojih je svaka bila tek jedna od mnogobrojnih sastavnica ejaleta Budima ili Rumelije, Bosna je uživala taj posebni status kao izdvojena cjelina sve do kraja osmanlijske vladavine.
