Na Drugom zasjedanju AVNOJA u Jajcu 1943. godine, utemeljena je odluka o osnivanju nove Jugoslavije, u kojoj bi sva vlast pripadala komunistima. Narodi BiH i sama BiH pretrpjeli su najveći teret Drugog svjetskog rata. Porušeno je oko 400 000 građevinskih objekata. Uništena je privreda, rudnici, električne centrale, škole, ceste. Potpuno su razoreni gradovi Bihać, Ključ, Glamoč, Rogatica, Bosanski Brod, Drvar, Višegrad. Teško je reći koliki je broj Srba i Hrvata, sa prostora BiH, stradao ali se zna da je od 103 000 ubijenih Bošnjaka, većina naseljavala prostor BiH. Na kraju rata bilo je zaposleno samo 165 000 ljudi, odnosno 6,7%.
Na trećem zasjedanju AVNOJ-a u Beogradu, od 7. do 10. avgusta 1945. godine, AVNOJ je preimenovan u Privremenu narodnu skupštinu, sa 486 članova. Na izborima za Ustavotvornu skupštinu, 11. novembra 1945. godine, učestvovale su dvije liste – Lista Narodnog fronta Jugoslavije i opoziciona lista (“ćorava kutija), bez kandidata. Sa 90,48% glasova pobijedio je Narodni front. Sličan omjer je bio i za Skupštinu naroda. Oba doma su se sastala i 29. novembra proglasila osnivanje Federativne Narodne Republike Jugoslavije, čime je konačno ukinuta monarhija sa dinastijom Karađorđevića. BiH je prema ustavu, koji je donesen 31. januara 1946. godine, priznata kao jedna od šest republika nove Jugoslavije. Prilikom donošenja ustava u Ustavotvornoj skupštini, jedno od gorućih pitanje je bilo i pitanje muslimanske(bošnjačke) nacije. Po ustavu Bošnjaci nisu spomenuti kao nacija.
Izbori za Ustavotvornu skupštinu Narodne Republike BiH, održani su 13. oktobra 1946. godine, a prvo zasjedanje se desilo 11. novembra. Nakon niza sjednica, Ustavotvorna skupština je usvojila i prvi republički ustav, po kojem je BiH proglašena kao narodna država republikanskog oblika. Ona je imala svoju teritoriju, koja se nije mogla mijenjati bez njenog pristanka.
Stupanjem u novu državu, teritorij naše domovine bio je predmet snažne represije i represalije. Zakonom o agrarnoj reformi i kolonizaciji iz avgusta 1945. godine, ograničena je površina obradivog zemljišta na 10 hektara, te je oduzeta utvrđena zemlja i predana državi. Naredne godine donesen je i zakon o nacionalizaciji na osnovu kojeg su pod državno vlasništvo prešle banke, saobraćajnice i sva privredna dobra. U Hercegovini je tekao i proces kolonizacije tako da se nekoliko desetina hiljada stanovnika, iz ratom porušene oblasti, preselilo na prostor Vojvodine i Slavonije. Omladinski radnim akcijama, koje su često bile prinudne, izgrađeno je nekoliko željezničkih pruga: Brčko – Banovići, Šamac – Sarajevo i Doboj – Banja Luka. Rad Islamske vjerske zajednice je 1946. odobren, ali je u duhu antireligijske ideologije, nova vlast sputavala njezin rad. Krajem četrdesetih godina došlo je do velikog progona pripadnika Mladih muslimana. Zakonom iz septembra 1950. godine, otpočela je široka kampanja ukidanja zara i feredža, čime je narušen položaj žene u društvu. Dvije godine poslije zatvoreni su mektebi i zabranjeni sufijski redovi. Sve do 1964. godine bilo je zabranjeno izdavati islamsku literaturu. Slika o islamu se počela mijenjati tek sredinom pedesetih godina, radi Titove politike Nesvrstanih, čije su članice uglavnom bile islamske. Naročito grub tretman je doživjela Katolička crkva u BiH, zbog njezine uske saradnje sa ustaškim pokretom. Brojne crkve su uništene, a samostani zatvoreni. Nešto bolje je prošla pravoslavna crkva, jer je određen broj sveštenika služio u NOVJ.
Događaj koji je najviše uzdrmao BiH u prvim godinama nakon okončanja rata bila je svakako Cazinska buna, koja je izbila 6. maja 1950. godine. Povod za bunu je bila otimačina, prisilni otkup i rad, te brutalno ponašanje pojedinih predstavnika vlasti. Začetnici bune su bili Mile Devrnja i Ale Čović. Buna je do juna u krvi nemilosrdno ugušena intervencijom Jugoslovenske Narodne Armije.
U Jugoslaviji je tokom njezinog postojanja, sprovedeno šest popisa stanovništva. Bošnjaci su na prvom popisu imali mogućnost da se opredijele kao pripadnici druge nacije ili neopredijeljeni. Ukupno je u Jugoslaviji 1948. godine, bilo 810 126 neopredijeljenih, od čega 778 403 nacionalno neopredijeljenih Bošnjaka. Na narednim izborima uvrštena je i kategorija “Jugosloven – neopredijeljen”. Bošnjaci su sa odrednicom “Muslimani”, u etničkom smislu mogli glasati 1961. godine, dok su kao nacija priznati ustavom iz 1974. godine. Tokom šezdesetih godina jedna grupa intelektualaca u emigraciji, na čelu sa Adilom Zulfikarpašićem, odlučno se vratila korijenima i propagirala bošnjaštvo. Termin Bošnjak je u konačnici tek vraćen u periodu Republike Bosne i Hercegovine na Bošnjačkom saboru u Sarajevu, 27. septembra 1993. godine.
Godine 1963. izglasan je i novi ustav koji se temelji na samoupravljanju kao osnovu društvene zajednice. Novi naziv države je glasio, Socijalistička federativna republika Jugoslavija. Riječ socijalistička je ušla u nazive država, tako da je i BiH postala socijalistička narodna republika.
Novi, treći ustav SFRJ, donesen je 21. februara 1974. godine. Po njemu su republike definirane kao države, a pokrajine su dobile široku autonomiju. Ustavom je potvrđeno i samoopredjeljenje svakog naroda, uključujući i pravo na odcjepljenje. Ovakva odluka bila je početak uvoda u raspad države, jer je trpio veliki napad centralističkih i unitarističkih struja, koje su naročito ojačale Titovom smrću 1980. godine.
Hrvati su osjetili priliku da se izbore za veća prava u Jugoslaviji te je u Hrvatskoj tokom sedamdesetih godina došlo do poznatog “Hrvatskog proljeća”. Gušenjem ovog pokreta stvorena je mogućnost za pokretanje oružanog ustanka koji bi krenuo iz BiH, u cilju rušenja Jugoslavije. Grupa poznata kao “Bugojanska skupina” se preko Slovenije i Hrvatske prebacila na prostor BiH , gdje je kod Uskoplja, 25. juna 1972. godine, došlo do oružane borbe protiv vladinih snaga. Grupa je likvidirana, ali je ovaj događaj duboko uzdrmao državne krugove.
Tokom sedamdesetih godina dolazi i do nacionalnog buđenja Muslimana(Bošnjaka), naročito u vjerskim okvirima, koji su sve više kritizirali komunistički vladajući aparat. Pod takvim okolnostima u Sarajevu je 1983. godine došlo do suđenja trinaestorici “neprijatelja i kontra – revolucionara”, na čelu sa Alijom Izetbegovićem. Grupa biva optužena za pokušaj stvaranja etnički čiste BiH. Vlast je težila da ukloni nekolicinu bošnjačkih intelektualaca aferom “Agrokomerc” iz 1987. godine. Obzirom da je bio povezan sa Agrokomercom, potpredsjednik Jugoslavije, Hamdija Pozderac podnosi ostavku.
Tokom osamdesetih godina privredna i politička kriza je sve više razarala Jugoslaviju. Nezaposlenost je bila sve veća, a plata sve niža. Na sve ovo je znatno uticala propala privredna reforma iz 1965. godine kao i bujanje nacionalizma. na što je posebno uticao dolazak Slobodana Miloševića na čelo srbijanskih komunista 1987. godine. Životni standard je naglo opadao, a došlo je i do nestašice životnih potrepština. BiH se nastojala proglasiti “Titovom izmišljotinom” uz mišljenje da treba biti podijeljena. U nastojanju da se barem politička situacija popravi, u januaru 1990. godine, održan je 14. vanredni kongres Saveza komunista Jugoslavije. Kongres je doživio potpuni fijasko, tako da su predstavnici Hrvatske, Slovenije, Makedonije i BiH napustili salu.
U narednom periodu doći će do formiranja jednonacionalnih stranaka. Na prvim višestranačkim izborima u BiH, 18. novembra 1990. godine, najviše glasova osvojila je Stranka demokratske akcije (SDA), Srpska demokratska stranka (SDS) i Hrvatska demokratska zajednica (HDZ). Za prvog predsjednika Predsjedništva BiH izabran je Alija Izetbegović. Kako su svi pokušaji o reorganizaciji Jugoslavije propali, Slovenija i Hrvatska su 25. juna 1991. godine proglasili samostalnost i izlazak iz državne zajednice Jugoslavije. Skupština BiH je 15. oktobra 1991. godine donijela odluku o proglašenju nezavisnosti i suverenosti BiH.
