Teza da je prelazak na Islam stanovništva srednjovjekovne Bosne sa dolaskom Osmanlija izvršen silom, odnosno da je izvršena islamizacija, produkt je srpske i hrvatske historiografije i nije naučno održiva. Među historičarima koji zastupaju tezu o “islamiziranju” stanovnika BiH prednjače Vaso Glušac, Svetislav Davidović, Petar Gaković, Milan Vasić i Milorad Ekmekčić. Sa druge strane brojni ozbiljniji historičari realnije posmatraju proces prelaska na islam a među takvim su Ćiro Truhelka, Halil Inaldžik, Vladimir Ćorović, Nada Klaić, a naročito Aleksandar Solovjev. Osnovna činjenica koju zastupaju je da je u BiH prisutan jedan autentični narodni element stanovništva koji je prihvatio islam, izgradio vlastitu kulturu i tradiciju. Taj narod se osjećao i identificirao kroz naziv Bošnjak.
Vjerovatno jedan od najvećih dokaza da Bošnjani nisu već pri samom padu srednjovjekovne Bosne “prigrlili” islam niti da su prisilno tjerani u, za njih, novu vjeru je popis Bosanskog sandžaka iz 1468. godine. Naime, u njemu su navedene svega 332 muslimanske kuće naspram 37 125 nemuslimanskih. U narednim popisima broj muslimanskih domova je u stalnom porastu, tako da tek u XVII stoljeću muslimani predstavljaju apsolutnu većinu stanovništva Bosne.
U Bosni su vladale specifične vjerske prilike, kako u predosmanskom, tako i u ranom osmanskom periodu, koje su djelomično uvjetovale i sam proces prelaska na islam. Jedna od karakteristika historije BiH, pored masovnog prelaska na islam, također je i fenomen srednjovjekovne hereze i heretičke Crkve bosanske. Posmatrajući pokušaje objašnjenja uzroka masovnog prelaska na islam, od apostolskog vizitatora Petra Masarechija do današnjih dana, može se zaključiti da se fenomen prelaska na islam konstantno povezuje sa fenomenom Crkve bosanske. Upravo se tu otvara prostor za brojne mistifikacije i kontraverze, odnosno za prožimanje mitskog i stvarnog. Historiografija iz “komšiluka” (Hrvatske i Srbije) i danas zastupa nekoliko teza o razlozima masovnog prelaska na islam, a to su: islamizacija se odvijala pod pritiscima (prisilna konverzija); islam prihvataju društvene elite iz želje za očuvanjem privilegija (kontinuitet bosanska srednjovjekovna vlastela – bošnjački begovi i age); islam iz isključivo ili uglavnom patareni, iz političkih ili dogmatskih razloga; islam u Bosni je prihvaćen odjednom (“bir ugurden”)
Historičari koji su proučavali fenomen prelaska na islam u Bosni nerijetko su bili opterećeni vlastitim religijskim i nacionalnim pogledima. Stariji srpski (pravoslavni) i hrvatski (katolički) historičari uslijed mitomanske ideologije su proces prelaska na islam posmatrali uglavnom kao izdaju vlastite vjere. Sa druge strane neki historičari su zastupali tezu da su na islam isključivo prelazili bosanski heretici (pripadnici Crkve bosanske). Prihvatanje islama značilo je i formiranje jednog novog posebnog indentiteta, koji nije prihvatao nacionalnu identifikaciju ni sa Srbima ni sa Hrvatima, zbog čega su pojedini hrvatski i srpski historičari bili svjesni da takva pripadnost bosansko – muslimanskog stanovništva koči svaki pokušaj njegove idenfitifikacije sa Srbima ili Hrvatima, koji su težili da muslimane privuku na svoju stranu.
Sa druge strane bošnjački, odnosno muslimanski intelektualci, većinom iz reda uleme, zastupali su tzv. bogumilsku teoriju, po kojoj je uzrok masovnog prelaska na novu vjeru postojanje heretičke Crkve bosanske, odnosno pripadnika te Crkve. Tzv. bogumilska teorija potencira dva razloga prelaska pripadnika Crkve bosanske na islam. Jedan od tih razloga je politički – pripadnici Crkve bosanske uslijed sistematskog pritiska zapadne i istočne crkve bježe pred okriljem Osmanlija, čiji dolazak u Bosnu pozdravljaju te prihvataju islam iz inata, prkosa ili pak želje za osvetom svojim dojučerašnjim protivnicima, kako bi se na taj način mogli osvetiti. Najkarakterističnija epizoda u ovome mitu je prihvatanje islama odjednom pred sultanom Mehmedom II Fatihom. Drugi je pak razlog, sličnost vjerskog učenja pripadnika Crkve bosanske i muslimana.
Bez sumnje, srpska i hrvatska historiografija svoje mitove o nasilnom prelasku na islam crpi iz pisanja kršćanskih historičara koji u svojim djelima navode da su Osmanlije činile masovni teror nad kršćanskim narodom osvojenog područja, pa tako i u Bosni. O tome su pisali savremenici poput Enea Silvia Piccolominija, odnosno pape Pia II (1458 – 1464), kao i njegov legat u Bosni Nikola Modruški. Međutim, papa Pio II prvi donosi podatke o izdajničkom držanju “maniheja” u Bosni, navodeći slučaj Radaka na Bobovcu, dok Nikola Modruški izričito navodi da su sultana na pohod protiv Bosne nahuškali “prvaci sekte manihejaca”. Ovi podaci predstavljaju urnek mitu o kolaboraciji heretika Bosne i osmanske vojske, što je u konačnici i dovelo do masovnog prihvatanja islama u Bosni. Sa druge strane franjevac Ivan Frano Jukić, iako nije savremenik dešavanja, bez ikakvog utemeljenja, navodi podatak o 30 000 bosanskih mladića odvedenih u janjičare po padu Bosne, koje je odveo sultan Mehmed II, ali ne potencira priču o prisilnom prelasku na islam. Pak istaknuti srpski intelektualac Georgije Magarašević, osnivač “Letopisa Matice srpske”, navodi da su stanovnici Bosne po osvajanju od strane Osmanlija prešli na islam “u krajnjoj nuždi i nevolji, oružjem tiranstvu prinuđeni”. Jovan Cvijić, jedan od vodećih srpskih naučnika početka XX stoljeća, zastupao je tezu o prisilnom prelasku, ali navodi da to nisu sprovodile osmanske vlasti, nego domaći muslimani, odnosno sami konvertiti, koji su zbog osjećaja krivice što su prešli na islam nastojali i svoje sunarodnjake prevesti.
Mit o nasilnom prelasku na islam zadržao se i tokom druge polovine XX stoljeća, a osoba koja je prednjačila u propagiranju ove teze bio je Dominik Mandić, koji je navodio da su Osmanlije pritisak vršili naročito prema katoličkom stanovništvu, a on je svoj intenzitet imao tokom prve polovine XVI stoljeća, počevši od bosanskog sandžak bega Mustafe Juriševića, pa sve do Gazi Husrev bega. Zanimljivo je navesti da u svom izlaganju o ovoj temi u knjizi “Etnička povjest Bosne i Hercegovine” Mandić uopšte ne koristi ključne izvore za ovu oblast, a to su osmanski popisni defteri, tako da se i njegovi navodi mogu bez puno analize odbaciti. Od savremenih srpskih historičara najzasluženiji za revitalizaciju mita o islamizaciji je akademik Radovan Samardžić, pisac eseja “Prodor islama u jugoistočnu Evropu”. U djelu navodi, između ostalog, sljedeće: islamizacija se u biti ipak događala uslijed pritiska, motiv prisile prisutan je čak i onda kada to sam konvertit ne osjeća, jer inače ne bi odbacio staru vjeru.
Niti Ivan Frano Jukić, koji među Bošnjacima danas uživa ogroman ugled, nije “čist” po pitanju ovih pogleda. Naime on je pod pseudonimom Slavoljub Bošnjak 1851. godine napisao djelo “Zemljopis i Poviestnica Bosne” u kojem stanovništvo Bosne dijeli na: pripadnike zapadne crkve (katolike), hrišćane (pravoslavce) i Turke (muslimane). Za ove posljednje navodi da su oni “nasljednici lažljivog proroka Muhameda”, koji su u Bosni postali od “zločestih” kršćana, “koji ne znajući svoje gospodstvo drugčije uzdržati, poturčiše se, iznevjeriše se Bogu”. Jukić također piše da je “na našu veliku nesreću” islam primljen od gotovo većeg dijela naroda, jer im je to osiguralo imanja, bogatstva i oslobodio ih harača i svakog danka, te su konvertiti “bez truda i radnje” mogli svoje “gospodstvo provoditi”.
