Nakon okončanja ratnih aktivnosti između Srba i Hrvata i priznanja nezavisnosti Slovenije i Hrvatske, bosansko pitanje je postalo najistaknutije u okvirima Evropske zajednice i Evrope u cjelini. Zajednička konferencija evropske i međunarodne zajednice održan 14. februara 1992. godine, u cilju rješenja bosanskog pitanja, završila je naslavno. Ipak, odlučeno je da se pregovori vladajućih stranaka i predstavnika EZ nastave u Lisabonu. Na ovom sastanku, održanom 21. i 22. februara, jasno je rečeno da međunarodna zajednica podržava cjelovitost BiH. Iskazano je uvjerenje da će BiH postati nezavisna i suverena država, te da će Srpska narodna skupština, koja je 9. januara proglasila Srpsku Republiku Bosnu i Hercegovinu (kasnije nazvana Republika Srpska), odustati od neustavnih i nezakonitih aktivnosti. Delegacija SDA odbila je prijedlog o formiranju “Nezavisne BiH od tri države”, ali je nevoljno pristala na prijedlog o formiranju federacije BiH sastavljene od tri nacionalne jedinice. Ipak, sve aktivnosti su ostale samo na verbalnom govoru.
Uprkos brojnim nastojanjima od strane SDS da se referendum o nezavisnosti spriječi, on je ipak održan 29. februara i 1. marta 1992. godine. Od 63,4% (1 997 644) glasača koji su izašli na referendum, njih 62,68% (1 986 202) glasalo je za nezavisnu BiH. Prema tome, na referendumu je, od onih koji su izašli glasat, za nezavisnu BiH glasalo 97,78% glasača.
I dok su se dešavale nemile scene po sarajevskim ulicama, te masakri i progoni u Podrinju, Savjet ministara EZ je 6. aprila 1992. godine donio odluku o priznanju Republike Bosne i Hercegovine. Narednog dana odluka je stupila na snagu, pa su RBiH priznale i Sjedinjene Američke Države. Nakon ovog priznanja uslijedio je i niz priznanja od strane drugih zemalja.
Prvo tromjesečje 1992. godine u BiH proteklo je u finalnim pripremama, Karadžićeve desničarske SDS i JNA, za početak agresije i priključenje BiH velikoj Srbiji. Još ranije, u ljeto i jesen 1991. godine izrađeni su planovi o pokoravanju i priključenju BiH (osim zapadne Hercegovine, koja je po dogovoru između Tuđmana i Miloševića trebala biti priključena Hrvatskoj) krnjoj Jugoslaviji. Počeo je užurbani proces naoružavanja srpskog stanovništva, uz prisustvo brojnih paravojnih formacije iz Srbije i Crne Gore. Povučeni korpusi JNA iz Slovenije i Hrvatske (4 korpusa), sa kompletnim naoružanjem, dodatno su ojačali srpsku vojnu moć, koja je u BiH već posjedovala 7 korpusa. Dok su trajali planovi za pokorenje Bosne, Vijeće sigurnosti UN-a 25. septembra 1991. godine uvodi međunarodni embargo na uvoz naoružanja zemljama SFRJ. Time je u stvarnosti jedino BiH uskraćeno pravo na odbranu. Snage odane RBiH su u tom periodu bile dezorjentisane i podijeljene, a uz sve to i veoma slabo naoružane.
Ciljevi srpsko – crnogorske agresije na BiH su bili: vojno zauzimanje i osvajanje teritorija, te priključenje u sastav nove Jugoslavije, kao i potpuno uništenje suverene i nezavisne RBiH sa Bošnjacima i Hrvatima u njoj. Također, jedan od planova je bio i uspostavljanje srpskog koridora na sjeveru i povezivanje sa pobunjenim Srbima u Hrvatskoj, tj. Kninskoj krajini, kao i povezivanje zapadne Bosne i istočne Hercegovine. U tom cilju trebalo je izvršiti povezivanje zamišljene Srpske Republike Bosne i Hercegovine u jednu cjelinu, opsadom većih gradova, u kojima je nesrpsko stanovništvo bilo većina, prvenstveno Sarajeva i okupirati tri regije BiH: Podrinje, Posavina i Sanska dolina.
U prvim mjesecima agresije snage otpora stvarane su samoinicijativno. Tek nešto kasnije rasla je i jačala organizacija, kroz direktne vojne akcije. U tim akcijama naročito su se istakle Zelene beretke, Patriotska liga i Hrvatske obrambene snage. U isto vrijeme pod vladinim nadzorom nastaju i prvi oblici vojne organizacije u vidu Teritorijalne odbrane. Tako su se postepeni rađali mali sastavi dobrovoljaca i patriota, slabe obuke i naoružanja, koji će 15. aprila 1992. godine prerasti u Armiju Republike Bosne i Hercegovine. U početku je bilo 70 000, da bi godinu dana kasnije Armija brojala 265 000 boraca. Kroz čitav rat će držati kontinuitet od oko 200 000 boraca. Hrvati su se uglavnom organizirali kroz vojnu formaciju nazvanu Hrvatsko vijeće obrane (HVO), koje je službeno osnovano 8. aprila 1992. godine, te kroz Hrvatske obrambene snage, koje su u potpunosti bile lojalne RBiH. Ipak, nakon likvidacije njihovog vođe Blaža Kraljevića od strane bojovnika HVO-a, u avgustu 1992. godine, HOS će biti rasformiran.
U periodu od aprila do juna 1992. godine srpsko – crnogroski agresor, uz pomoć formacija SDS-a, u silovitom naletu ovladava gotovo cjeloukupnim teritorijem sjeveroistočne i istočne Bosne (osim Žepe, Goražda i Srebrenice, koja je bila pod okupacijom 21 dan). U silovitom napadu, uz masovnu upotrebu vojne sile i tehnike, zauzeti su i devastirani gradovi: Bijeljina, Zvornik, Bratunac, Vlasenica, Foča, Višegrad, Rudo, Rogatica i Čajniće. U ovim gradovima agresor je odmah instalirao svoju vlast te protjerao i likvidirao cjeloukupno civilno bošnjačko stanovništvo. Paralelno su otvarani i logori u koje su smješteni brojni Bošnjaci i Hrvati. U isto vrijeme trajala je i operacija JNA u cilju uspostavljanja kopnenog koridora prema Banja Luci i Kninskoj krajini. U silovitom napadu zauzeti su Brčko, Bosanski Šmac, Modriča, Doboj i Derventa u Posvini, te Prijedor, Ključ i Sanski Most u Bosanskoj krajini. Paralelno je trajala i akcija spajanja zapadne Bosne sa istočnom Hercegovinom. Za razliku od prethodna dva pravca, na ovom JNA nije imala većeg uspjeha i rezultata. JNA je na tom putu zauzela jedino Kuprešku visoravan i Donji Vakuf. Ostali planirali ciljevi nisu realizovani zbog otpora Hrvata i Bošnjaka.
Istovremeno sa navedenim borbama otpočela je i Bitka za Sarajevo, 6. aprila 1992. godine. Odbranu grada preuzele su jedinice Patriotske lige, Zelenih beretki, Ministarstva unutrašnjih poslova RBiH te dobrovoljci i brojni građani Sarajeva. Tokom aprila mjeseca agresorske snage nisu uspjele realizovati svoj cilj, presjecanja i zauzimanja grada. Tokom istog mjeseca izvedene su uspješne akcije branilaca (Pretis, Vrace i Ilidža), što je dodatno pojačalo moral. Presudan momenat za grad dogodio se 2. maja kada su jedinice JNA odlučile da preuzmu konačni udar i zauzmu zgrade državnih institucija RBiH. Uz upotrebu artiljerije i oklopnih vozila, pokušali su zauzeti zgradu Predsjedništva RBiH. Nakon žestokih borbi jedinice TO RBiH su ih zaustavile i nanijele velike gubitke. Nakon neuspješnog napada, JNA je istog dana na aeodromu zarobila Predsjednika Predsjedništva RBiH, Aliju Izetbegovića, koji se vraćao sa pregovora u Lisabonu. Tada je dogovorena razmjena, u kojoj su se jedinice JNA izvukle iz grada a Alija Izetbegović je sa svojom pratnjom oslobođen.
Nakon niza uspješnih odbrambenih akcija branilaca BiH, JNA se formalno preimenovala u Vojsku Srpske Republike Bosne i Hercegovine (kasnije VRS) 12. maja 1992. godine, te se donosi odluka o promjeni načina vođenja borbe. VRS počinje sa iznenadnim i žestokim granatiranjem urbanog dijela grada, u cilju nanošenja velikih civilnih gubitaka. Istog mjeseca (22. dana), RBiH je primljena u Organizaciju ujedinjenih naroda.
U cilju realizacije plana spajanja Srbije sa Bosanskom i Kninskom krajinom JNA sprovodi akciju nazvanu “Drina”. Početkom 1992. godine JNA vrši veliku koncentraciju ljudstva i postepeno zaposjeda ključne objekte. VRS, 24. juna 1992. godine započinje operaciju “Koridor 92”, na prostoru Bosanske posavine u cilju spajanja istočnog i zapadnog dijela Srpske Republike Bosne i Hercegovine, te spajanja sa Kninskom krajinom. U toku juna i jula zauzeti su Derventa, Modriča i Odžak, a zauzimanjem Bosnskog Broda 6. oktobra 1992. godine okončana je ova operacija. Operacija se smatra najvećim srpskim uspjehom u toku čitavog rata.
Težeći odvojiti Bihaćki okrug od slobodnih teritorija Ključa, Sanskog Mosta i Prijedora, 21. aprila 1992. godine dolazi do sukoba jedinica TO RBiH, sa srpskim paravojnim formacijama kod Bosanske Krupe. Do 23. aprila JNA i teritorijalci su uspjeli zauzeti veći dio Bosanske Krupe, ali je jedan dio branilaca uspio pružiti odlučan otpor u zapadnom dijelu grada. U toku maja JNA je zauzela i Bosanski Novi, Sanski Most i Prijedor. U junu je započeo i napad VRS na Bihać i do kraja juna će imati određenih uspjeha. Međutim, u septembru i oktobru jedinice odbrane kreću u kontraofanzivu i oslobađaju više mjesta na južnim prilazima Bihaću, te na dijelovima cazinske i krupske općine. Bihaćki džep će ostati isturena enklava slobodne bosanskohercegovačke teritorije sve do avgusta 1995. godine i hrvatske operacije Oluja.
U Hrvatskoj je tokom 1992. godine u medijima objavljeno nekoliko tekstova kojima je isticana podrška u borbi protiv velikosrpske agresije. Pogoršanju odnosa je lično doprinio lider HDZ-a i vrhovnik Hrvatske, Franjo Tuđman svojim kartografskim vizijama i direktnim miješanjem u unutrašnje prilike RBiH. Ubrzo je smijenio čelnika HDZ za RBiH Stjepana Kljujića i sve ostale ličnosti koje su se borile za cjelovitu RBiH. Na mjesto čelnog čovjeka HDZ BiH postavljen je Mate Boban. I pored teškog antagonizma, čelnici Srbije i Hrvatske su bili izričiti da BiH treba podijeliti. Nakon više sastanaka, u Gracu 26. februara 1992. godine, tajno su se sastali Tuđmanov specijalni izaslanik Josip Manolić i Radovan Karadžić. Konačan dogovor između srpske strane (Karadžić) i hrvatske (Boban), potpisan je 6. maja iste godine u Gracu. Na ovako licemjernu politike Hrvatske nadovezao se i HVO koji je tokom ratne 1992. i u prvim mjesecima 1993. godine, i pored određenih incidenata, bio oprezan saveznik ARBiH. Do otvorenog sukoba će doći u proljeće 1993. godine. Od januara iste godine direktno će u sukob, na stranu HVO, ući i regularna vojska Hrvatske.
Iako je HVO, uz indirektnu pomoć HV 20. oktobra 1992. godine, zauzeo Prozor koji je bio pod kontrolom jedinica ARBiH, snage lojalne RBiH su najstojale smiriti situaciju kako ne bi došlo do sve otvorenijeg sukoba. Ipak, to nije bilo ostvareno pa je 12. januara 1993. godine HV, uz pomoć HVO, izvršio agresiju na Gornji Vakuf, gdje su uglavnom živjeli Bošnjaci, ali sa većom koncentracijom Hrvata. Sukob se još više rasplamsao nakon propalog Vens – Ovenovog plana i niza lokalnih oružanih sukoba. Sukob se uskoro proširio širom centralne Bosne, a naročito je žestoko bilo u Mostaru, koji je bio podijeljen na istočni, koji je kontrolisala ARBiH i zapadni, koji je kontrolisao HVO. Svoj vandalizam hrvatske snage su iskazale rušenjem Starog mosta u Mostaru. U toku sukoba, obje strane su počinile više zločina nad civilnim stanovništvom, a posebno je stradalo civilno stanovništvo Viteza.
I dok je ARBiH imala većeg uspjeha u centralnoj Bosni, likvidirajući komunikacijske veze HVO-a čime je stvoreno niz hrvatskih enklava i zauzimanjem Vareša, HVO je imao više uspjeha u Hercegovini, gdje je mogao imati direktnu pomoć HV i gdje je zgurao jedinice 4. korpusa ARBiH u uske predjele Mostara. U februaru 1994. godine, u Zagrebu, su otpočeli pregovori o okončanju sukoba, a nastavljeni su tokom marta u Splitu. Potpisivanjem Vašingtonskog sporazuma 18. marta 1994. godine definitivno je okončan sukob ARBiH i HVO-a
Istovremeno dok je trajao sukob sa HVO, tokom 1993. godine, nastavljen je i sukob sa VRS. Štaviše, okončanjem sukoba između Hrvata i Srba, sukob između ARBiH i VRS se dodatno rasplamsao. Krajem 1992. i početkom 1993. godine snage ARBiH su izvršile niz uspješnih akcija u Podrinju, što je prouzrokovalo veliku srpsku kontraofanzivu na Srebrenicu i Goražde, u cilju eliminacije puteva opskrbe iz centralne Bosne. Nakon velikih uspjeha VRS-a u ljeto 1993. godine na Igmanu, pod pritiskom NATO snaga Srbi su bili primorani na povlačenje, ali su presječeni putevi opskrbe u Podrinju, što je dodatno otežalo stanje pripadnika ARBiH u Podrinju. Radi otvorenog sukoba ARBiH i HVO, tokom 1993. godine, srpski agresor je izvodio uglavnom operacije lokalnog karaktera, ne rizikujući veće žrtve. Pored Podrinja, izuzetak je bila još operacija proširenja posavskog koridora kod Brčkog u julu, gdje nisu imali većeg uspjeha. Također, napadi na Sarajevo su nastavljeni svom žestinom, uz često granatiranje civilnih objekata. Time je VRS željela navesti brojčano jače snage ARBiH da kapituliraju.
Tokom 1993. godine ARBiH je uglavnom vodila odbrambeni rat. Postavljanjem Rasima Delića, 8. juna na mjesto glavnog komandata ARBiH, dolazi do drastičnog pomaka u pogledu rata. Otpočinje se sa reorganizacijom jedinica, osnivaju se mobilne manevarske jedinice, poboljšava se disciplina i radi se na doturi novog naoružanja. Okončanjem rata sa Hrvatima otvorila se mogućnost šverca naoružanja, na čemu su najviše uradile SAD i Iran. ARBiH je postepeno prelazila iz odbrambene u oslobodilačku fazu rata. Ipak, VRS je i dalje bila isuviše jaka tako da se u početku oslobodilački tip rata sastojao uglavnom u izvođenju manjih akcija. Ipak, kako je sredinom 1994. godine imala oko 14 000 poginulih pripadnika, VRS više nije bila u stanju da izvodi veće akcije. Moral je dodatno narušen teškim porazom na ozrenskom platou, u maju 1994. godine i u prvoj zajedničkoj akciji ARBiH i HVO, novembra 1994. godine kada je u sklopu operacije “Cincar” oslobođen Kupres. Bilo je jasno da Srbi počinju gubiti rat.
Godina 1995. je otpočela četveromjesečnim primirjem. Iako je agresor često kršio primirje, ono je iskorišteno u cilju uspostavljanja nove saradnje sa HVO i dodatnim unaprijeđenjem kapaciteta ARBiH. U tom cilju početkom 1995. godine radi boljeg izvođenja oslobodilačkih akcija osnivaju se divizije. Tokom februara 7. korpus je izveo niz napada na Vlašić ali bez većeg uspjeha. Međutim, nakon detaljnih priprema 20. marta, združene jedinice 7. i 3. korpusa otpočinju operaciju “Domet 1” te je nakon samo 3 dana borbe oslobođen najdominantniji objekat Opaljenik. Bio je to, do tada, najveći uspjeh oslobodioca RBiH. I na drugim frontovima, jedinice ARBiH su imale znatnog uspjeha, tako da je 3. korpus u maju na Ozrenu oslobodio Podcjelovo, a 1. i 4. korpus na Treskavici kod Sarajeva više mjesta, uključujući dominantnu kotu Đokin Toranj.
Veliki uspjesi ARBiH tokom prve polovine 1995. godine rezultirale su pojavom nepotrebnih preambicioznih namjera. Komanda je u junu odlučila da otpočne operaciju deblokade Sarajeva, nazvanu “Tekbir” ili “T”. Do tada najveća oslobodilačka operacija ARBiH, koja je prema nekim procjenama u toj operaciji angažovala blizu 60 000 boraca, otpočinje 15. juna 1995. godine, snažnim artiljerijskim napadom na linije VRS kod Ilijaša. Primarni cilj operacije bilo je presijecanje puteva opskrbe sjeveroistočno od Sarajeva. I pored početnih uspjeha, naročito sjeverno i južno od grada, operacija će završiti teškim porazom ARBiH, koja je imala 403 poginula i oko 1 500 lakše i teže ranjenih boraca.
Fijasko operacije i izmorenost snaga, dodatno će otežati ionako tešku situaciju u Srebrenici. I pored toga što su Srebrenica i Žepa u maju 1993. godine proglašena demilitariziranim zonama, agresor je u 47 navrata vršio artiljerijske i snajperske napade po Srebrenici i Žepi. ARBiH je dostavljanjem pomoći helikopterima sve do maja 1995. nastojala pomoći opkoljenim enklavama. Rušenjem helikoptera ARBiH, iznad Srebrenice, 7. maja ta pomoć je obustavljena. VRS je još tokom juna skoncentrisala ogromne snage oko Srebrenice. U rano jutro 6. jula 1995. godine srpska vojska otpočinje operaciju “Krivaja 95” – napad na Srebrenicu. Slabašno opremljene jedinice ARBiH pružile su herojski otpor, ali 11. jula u 14:00 Srebrenica pada u ruke srpskog agresora. I dok su žene i djeca spas potražili u bazi UNPROFOR-a u Potočarima, oko 12 000 vojno sposobnih muškaraca se nastojalo probiti na teritoriju koju je kontrolisala ARBiH. Njih oko 3 500, se uspjelo probiti na Bajkovici kroz koridor koji je uspostavio 2. korpus. Po priznanju Vlade RS, više od 8 000 muškaraca je zarobljeno i strijeljano. Dva dana kasnije Ratko Mladić je izdao ultimatum i braniocima Žepe da se predaju. Nakon kraćih pregovora, 25. jula, 285. brigada ARBiH iz Žepe na čelu sa Avdom Palićem se predala. Time su sva mjesta u Podrinju, osim Goražda, pala u ruke srpskog agresora.
U julu je HV zauzeo nekoliko ključnih mjesta u zapadnoj Bosni, te tako stvorio mogućnost eliminacije pobunjenih Srba u Hrvatskoj. Operacijom “Oluja”, koja je počela 4. avgusta 1995. godine, potpuno je eliminisana Republika Srpska Krajina, paradržava pobunjenih Srba u Hrvatskoj. Ova operacija imala je veliki značaj i za prostor Bihaća i okolice, pošto je nakon 1 200 dana slomljena opsada Bihaća i 5. korpusa ARBiH koji ga je branio. Ovim su stvorene prilike i za eliminaciju samoproglašene Autonomne pokrajine zapadna Bosna, koja je munjevitim oslobođenjem Velike Kladuše, 5. avgusta ukinuta. Ovim događajem, potpuno je rasterećeno ratište 5. korpusa, a on će u narednom toku rata postati okosnica oslobodilačkih operacija ARBiH.
Nakon masakra na Marakalama NATO avijacija, 30. avgusta 1995. godine, otpočinje sa serijom masovnih bombardovanja srpskih položaja širom RBiH. Kako se i sam Ozren i njegove komunikacije, našao pod snažnim udarom, jedince 2. i 3. korpusa 10. septembra sprovode oslobodilačku operaciju na Ozrenu, te oslobađaju važno mjesto Vozuću, čime su spojena dva industrijska centra, Tuzla i Zenica. U nastavku operacije, nazvane “Uragan 95”, ARBiH će osloboditi polovicu Ozrena. Borbe su obustavljene 12. oktobra.
I u zapadnoj Bosni jedinice 5. korpusa otpočinju svoj oslobodilački pohod, 13. septembra 1995. godine. Sprovodeći potpuni “blickrig”, u sklopu operacije “Sana 95”, jedinice 5. korpusa su do 18. septembra oslobodile Bosanski Petrovac, Ključ i Bosansku Krupu, dok su jedinice 7. korpusa, u odvojenoj operaciji, oslobodile Donji Vakuf. ARBiH se nalazila i na prilazima Sanskom Mostu i Bosanskom Novom. Ipak, zbog jake srpske kontraofanzive operacija je zapala u krizu. Dolaskom svježih snaga iz centralne Bosne i 7. korpusa sa jačinom od oko 10 000 pripadnika, ARBiH je odbila srpsku kontraofanzivu i nastavila svoj oslobodilački pohod, koji je krunisan 10. oktobra 1995. godine oslobađanjem Sanskog Mosta. Istovremeno su i snage HV i HVO oslobodile Jajce, Šipovo i Mrkonjić Grad. Snage VRS i njezinih saveznika su bile pred potpunim slomom, a i sama Banja Luka je bila pred padom.
U jeku oslobodilačkih operacija 12. oktobra 1995. godine međunarodna zajednica upućuje ultimatum ARBiH, da mora obustaviti svoje daljne oslobodilačke operacije. Nakon četiri godine ratovanja uslijedila je faza pregovora. Do toga je došlo u zračnoj bazi Wrigt Deterson, Ohio SAD, 21. novembra 1995. godine. Sporazum su potpisali predstavnici RBiH (Alija Izetbegović), RH (Franjo Tuđman) i SRJ (Slobodan Milošević). Dejtonskim mirovnim sporazumom okončan je sukob u BiH.
Tokom četverogodišnjeg rata stradalo je nešto više od 100 000 ljudi, od čega je 65% Bošnjaka, dok je sa svojih ognjišta protjerano preko 2 000 000 ljudi. Stradalo je najviše civilno stanovništvo strijeljanjima, bombardovanjem gradova, mučenjem u logorima nacističkog tipa. Razrušena su arhitektonska jezgra Mostara, Sarajeva, Bihaća, Gornjeg Vakufa idr. Najveća razaranja počinile su srpske oružane formacije granatiranjem razornim artiljerijskim oruđima.
